La primera final que Junior disputó fue en el primer semestre 2003, contra Once Caldas, que se coronó campeón tras empatar sin goles en Barranquilla y ganar 1-0 en Manizales con gol de Sergio Galván Rey.
En el segundo semestre de 2004 obtuvo su quinta estrella al vencer 3-0 a Nacional, en Barranquilla, y caer 5-2, en Medellín. En la definición por tiros desde el punto penal, los rojiblancos se impusieron 5-4.
La tercera final la jugó en el primer semestre de 2009, nuevamente contra Once Caldas, que se quedó con el título tras ganar los dos partidos: 2-1 en Manizales y 3-1 en Barranquilla.
En el primer semestre de 2010, Junior disputó el título con La Equidad, que ganó 1-0 en la ida, en Bogotá, pero en la vuelta, en Barranquilla, el cuadro tiburón se impuso 3-1, con doblete de Carlos Bacca, y alcanzó su sexta estrella.
Su cuarta final en torneos cortos la protagonizó contra Once Caldas, en el segundo semestre de 2011. En la ida, en Barranquilla, Junior ganó 3-2 y en la vuelta, en Manizales, el conjunto blanco igualó la serie al imponerse 2-1. La definición por tiros desde el punto favoreció 4-2 a los rojiblancos, que se coronaron campeones.
Julio Comesaña, en el primer semestre de 2014, perdió la final contra Atlético Nacional que ganó 4-2 en la tanda de penales, en Medellín, luego de que la serie terminara igualada 1-1.
Con Alexis Mendoza como técnico, Junior perdió dos finales seguidas. La primera fue en diciembre de 2015, por tiros desde el punto penal (3-2), y la segunda, contra Medellín, en el primer semestre de 2016.
Junior disputó tres finales consecutivas con Julio Comesaña, de las cuales ganó dos: la del segundo semestre de 2018, al Medellín, y la del primer semestre de 2019, al Deportivo Pasto (5-4 por penaltis).
La tercera final la perdió contra América, en el segundo torneo de 2019. Empataron 0-0 en Barranquilla y en Cali los escarlatas ganaron 2-0.
La final más reciente disputada por Junior fue contra Medellín, en el segundo semestre de 2023, bajo la dirección técnica de Arturo Reyes. En la ida, en Barranquilla, los tiburones ganaron 3-2 y en la vuelta el triunfo fue 2-1 para el ‘Poderoso’. En penaltis, Junior ganó 5-3 y conquistó su décima estrella.
Nacional es el equipo que más finales ha disputado en torneos cortos con 16. Le siguen Junior (12), Medellín (12), Tolima (9), Santa Fe (9), Cali (7), América (5), Pasto (4), Once Caldas (4), Millonarios (4), La Equidad (3), Huila (2), Real Cartagena (1), Cúcuta (1), Boyacá Chicó (1), Pereira (1) y Bucaramanga (1).
