El 10 de junio de 2004, por la tercera fecha del cuadrangular semifinal, el cuadro verdolaga se impuso con goles de Édixon Perea, Oswaldo Mackenzie, Christian Marrugo y Héctor Hurtado. El técnico rojiblanco era Jorge Luis Pinto.
Posteriormente, el 17 de octubre de 2015, Nacional volvió a ganar 4-0 con doblete de Marlos Moreno y un gol de Jefferson Duque y Yimmi Chará. Alexis Mendoza dirigía a los rojiblancos.
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El martes, Marlos Moreno marcó el cuarto de Nacional ante los dirigidos por Alfredo Arias.
Por Liga, Nacional no le ganaba al Junior en Barranquilla desde el 18 de septiembre de 2021 cuando lo superó 3-1 con tantos del uruguayo Jonatan Álvez (2) y Sebastián Gómez. El descuento tiburón lo marcó Larry Vásquez.
Por Copa Sudamericana, Junior también registra una derrota 4-0 en casa ante Unión de Santa Fe. Fue el 26 de mayo de 2022 cuando el cuadro argentino marcó por intermedio de Jonatan Álvez, Kevin Zenón, Matías Gallegos y Omar Albornoz (en contra). El argentino Juan Cruz Real dirigía al Junior.
