En dicho sorteo, Junior será Colombia 2, en tanto que Santa Fe, campeón del primer semestre, será Colombia 1.
Junior quedó ubicado en el Bombo 2 del sorteo por ocupar la casilla 34 en el ranking 2026 de la Conmebol, junto a Libertad, Estudiantes, Lanús, Cerro Porteño, Bolívar, Cruzeiro y Brasil II.
Colombia 3 y Colombia 4 serán Tolima y Medellín, respectivamente, que ocuparon la primera y segunda posición en la tabla de reclasificación total del año. El cuadro vinotinto y oro sumó 96 puntos y el rojo de la montaña 91. Estos equipos tendrán que disputar una fase previa para buscar su ingreso a la de grupos.
En cuanto a la Copa Sudamericana, los clasificados son: Nacional, Bucaramanga, América y Millonarios.
Esta será la será la decimonovena participación de Junior en la Copa Libertadores.
En las ediciones de 1971, 1978, 1981, 1984, 1994, 1996, 2000, 2001, 2011, 2012, 2019, 2020 y 2024 consiguió su cupo de manera directa a la fase de grupos.
En 2005, 2018 y 2020 debió superar una fase previa, de la cual quedó eliminado en 2010 y 2017.
En su última participación (2024) fue eliminado en ctavos de final por el Colo Colo de Chile.
