De las anteriores semifinales, el conjunto barranquillero salió airoso en seis y perdió las dos restantes. De las cinco veces que fue a la final quedó campeón en dos.
Cabe anotar que Junior lleva 12 finales en torneos cortos, pero seis de sus clasificaciones a estas instancias fueron por el sistema de cuadrangulares (2003 I, 2004 II, 2019 I y II, 2023 II y 2025 II). De estas quedó campeón en cuatro ocasiones.
En el primer semestre de 2010, en el que también se coronó campeón, Junior jugó la semifinal contra Medellín, pero en este torneo solo clasificaron directamente los cuatro primeros de la fase todos contra todos.
Junior ha disputado tres semifinales contra Millonarios. En el segundo semestre de 2011, la más célebre de todas, Millos ganó 3-0 el partido de ida, en Bogotá, con doblete de Erik Moreno y un gol de Máyer Candelo, pero en la vuelta, en Barranquilla, el conjunto tiburón se impuso por el mismo marcador con goles de Juan David Valencia, Vladimir Hernández y Giovanni Hernández y forzó la definición por tiros desde el punto penal, que ganó 5-4 para avanzar a la final.
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En el primer semestre de 2014, los dos partidos de la serie contra los albiazules terminaron igualados sin goles, lo que obligó a definir al finalista en la tanda de penales que nuevamente favoreció 5-4 a Junior.
En el primer semestre de 2021, en Barranquilla, Junior derrotó 3-2 a Millonarios, con doblete de Carmelo Valencia y un gol de Fabián Sambueza, y en la vuelta el cuadro embajador remontó con un 2-0, con doblete de Cristian ‘Chicho’ Arango, que le dio el tiquete a la final.
El delantero paraguayo Roberto Ovelar sentenció la semifinal que Junior disputó en el segundo semestre de 2015 contra Deportes Tolima. El equipo rojiblanco ganó 1-0 ambos partidos con goles marcados por el ‘Búfalo’ para clasificar a la final.
En el primer semestre de 2016, Junior eliminó a Nacional, tras igualar 1-1 en Barranquilla (goles de Vladimir Hernández y Daniel Bocanegra) y 0-0 en Medellín. Los tiburones ganaron 4-2 en la tanda de penales y avanzaron a la final.
En el segundo semestre de 2018, Junior pasó a la final tras dejar en el camino a Águilas Doradas. En la ida, en Rionegro, el equipo rojiblanco ganó 3-2 con doblete de Luis Díaz y un gol de Jarlan Barrera y en la vuelta, en Barranquilla, empataron 1-1. Por Junior marcó James Sánchez y por Águilas Daniel Muñoz.
En 2020, año en que se jugó un solo torneo por la pandemia, Junior fue eliminado en semifinales por América. En Cali, el juego terminó 0-0 y en Barranquilla los escarlatas ganaron 2-1 con goles de Luis Sánchez y Adrián Ramos. El descuento tiburón lo hizo Miguel Ángel Borja.
