A Palmeiras, actual subcampeón del torneo y cabeza del Grupo F, Junior lo enfrentó en las ediciones de 2018 y 2019 y perdió los cuatro partidos que disputó con el club brasileño.
El 1 de marzo de 2018, en Barranquilla, Palmeiras ganó 3-0 con doblete de Bruno Henrique y un tanto del colombiano Miguel Ángel Borja. Fue el célebre partido donde Germán Gutiérrez fue expulsado en el minuto 8 del primer tiempo por juego brusco contra Bruno Henrique.
El 16 de mayo, en Sao Paulo, Palmeiras eliminó a Junior del torneo al ganarle 3-1, con triplete de Borja. El descuento rojiblanco lo marcó Teófilo Gutiérrez. Dirigía al Junior, Alexis Mendoza.
El 6 de marzo de 2019, en Barranquilla, Palmeiras derrotó 2-0 al Junior con goles de Gustavo Scarpa y Marcos Rocha y el 10 de abril, en Sao Paulo, lo goleó 3-0 con anotaciones de Deyverson, Dudú y Hyoran. Luis Fernando Suárez dirigió al Junior en el primer partido y en el segundo el técnico fue Julio Comesaña.
Con Cerro Porteño, por Copa Libertadores, Junior ha disputado seis partidos, de los cuales el cuadro rojiblanco ganó tres, perdió dos y empató uno.
Los últimos enfrentamientos contra el conjunto paraguayo fueron hace 26 años. El 17 de febrero de 2000, Junior cayó 1-0, en Asunción, con gol de Carlos Espínola y el 15 de mayo del mismo año, en Barranquilla, los tiburones, dirigidos por Juan José Peláez, ganaron 2-0 con tantos de Óscar ‘Chico’ Restrepo y Orlando Ballesteros.
A Cerro, Junior lo eliminó en octavos de final de la Libertadores de 1996. En la ida, el 30 de abril, En Asunción, empataron 0-0 y en la vuelta, el 8 de mayo, el equipo tiburón ganó 1-0 con gol de Iván René Valenciano. El técnico del Junior era Luis Augusto ‘Chiqui’ García.
En la edición de 1994, el 18 de marzo, en Barranquilla, Junior, dirigido por Julio Comesaña, derrotó 3-2 a Cerro con goles de Valenciano, Luis Grau y Carlos Araújo. Los tantos paraguayos fueron de Virgilio Ferreira.
El 15 de abril, en Asunción, Cerro se impuso 1-0 con gol de Estanislao Struway.
A Cerro Porteño, Junior también lo enfrentó en octavos de final de la Copa Sudamericana 2017. En la ida, el 12 de septiembre, en Asunción igualaron sin goles y en la vuelta, el 19 de septiembre, el cuadro barranquillero ganó 3-1 con goles de Luis Díaz, Teo Gutiérrez y Yimmi Chará.
