La fase de grupos comenzará el 7 de abril y concluirá el 28 de mayo. Los dos primeros de cada uno de los ocho grupos avanzarán a octavos de final y los terceros disputarán el playoff de octavos de final de la Copa Sudamericana.
Los 32 equipos clasificados a la fase de grupos se dividieron en cuatro bolilleros conformados de acuerdo a los campeones de la Copa Libertadores 2025, Copa Sudamericana 2025 y ranking de clubes de la Conmebol al 15 de diciembre de 2025. Cada grupo estará integrado por un equipo de cada bolillero.
Los equipos cabezas de serie son Flamengo (Brasil), Boca Juniors (Argentina), Palmeiras (Brasil), Peñarol (Uruguay), Nacional (Uruguay), Liga de Quito (Ecuador), Fluminense (Brasil) e Independiente del Valle (Ecuador).
Junior, ubicado en la casilla 34 del ranking de clubes de la Conmebol, forma parte del Bolillero 3 junto a Universidad Católica (Chile), Rosario Central (Argentina), Santa Fe (Colombia), Always Ready (Bolivia), Coquimbo Unido (Chile), Deportivo La Guaira (Venezuela) y Cusco (Perú).
En el Bolillero 2 están Lanús (Argentina), Libertad (Paraguay), Estudiantes (Argentina), Cerro Porteño (Paraguay), Corinthians (Brasil), Bolívar (Bolivia), Cruzeiro (Brasil) y Universitario (Perú).
Los otros dos equipos colombianos, Medellín y Tolima, están en el Bolillero 4 junto a Universidad Central (Venezuela), Platense (Argentina), Independiente Rivadavia (Argentina), Mirassol (Brasil), Sporting Cristal (Perú) y Barcelona (Ecuador).
Dentro de un mismo grupo no podrá haber dos equipos de un mismo país, por lo tanto, si resultaren sorteados, pasarán a ocupar el siguiente grupo y se sorteará nuevamente otro equipo para dicho grupo.
El único caso en el que dos equipos de un mismo país podrán compartir grupo es si uno de estos proviene de la Fase 3 de esta competición. En consecuencia, Junior podría tener como rivales en su grupo a Medellín o Tolima.
El sorteo podrá verse en directo a través del canal oficial de YouTube de la Conmebol.
